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转录组测序
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 转录组测序
转录组测序,对某一物种或特定细胞在某一功能状态下产生的mRNA在Illumina测序平台进行高通量测序,不仅能够提供定量分析,检测基因表达水平差异,而且能够提供结构分析,发现未知转录本和稀有转录本,精确地识别可变剪切位点、基因融合、SNP以及Indel位点等,也能够不依赖于参考基因组。
技术优势
任意物种的全转录组分析:无需了解物种基因或基因组信息,能够直接对任何物种进行最全面的转录组分析;
覆盖度高:数字化信号,能够测定几乎所有转录本片段的序列;
分辨率高:可以检测基因家族中相似基因及可变剪接造成的单碱基差异;
检测范围广:从几个到数十万个拷贝精确计数,可同时鉴定及定量正常和稀有的转录本。
产品应用
医学方向
 
 
农学方向
 
 
研究内容
一、无参考序列物种
标准信息分析:
 1. 测序数据过滤
2. 转录组de novo组装
3. Unigene七大功能数据库注释
4. Unigene的CDS预测
5. Unigene的TF编码能力预测
6. Unigene的SSR检测
7. Unigene表达量计算(基因表达水平、PCA分析、基因表达水平箱线图和密度图、样品间的表达量韦恩图)
8. 时间序列分析
9. 差异表达基因检测
10. 差异表达基因聚类分析
11. 差异表达基因GO功能分析
12. 差异表达基因Pathway功能分析
13. 差异基因蛋白互作分析
14. 真菌致病基因预测 (真菌样本)
15. 植物抗病基因预测(植物样本)
定制化信息分析:
 可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容。
 
二、有参考序列物种
标准信息分析:
1. 测序数据过滤
2. 参考基因组比对
3. 新转录本预测
4. SNP和INDEL检测
5. 差异剪接基因检测
6. 基因表达量计算(基因比对率及表达数目统计、Reads对转录本的覆盖度及分布、样品间的相关性、PCA分析、样品中基因表达量的分布、样品间及组间的基因表达情况)
7. SNP、INDEL、基因表达量和基因融合Circos图(仅限人的样本)
8. 基因表达量聚类分析
9. 时间序列分析
10. 差异表达基因检测
11. 差异表达基因维恩图分析
12. 差异表达基因层次聚类分析
13. 差异表达基因GO功能分析
14. 差异表达基因Pathway功能分析
15. 差异表达基因TF编码能力预测
16. 差异表达基因蛋白互作分析
高级信息分析:
基因共表达网络分析(15个及以上样品,赠送但不包含在标准执行周期内)
定制化信息分析 :
可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容
 

服务热线
025-58742321
地址:江苏省南京市高新区惠达路9号南自园区C楼101
联系人:丁先生
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