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微生物16S测序
产品介绍
16S rDNA是细菌分类学研究中最常用的“分子钟”，其序列包含9个可变区（Variable region）和10个保守区（constant region）。可变区因细菌而异，且变异程度与细菌的系统发育密切相关。通过检测16S rDNA的序列变异和丰度，可以了解环境样品中群落多样性信息。基于16S rDNA的分析在微生物分类鉴定、微生态研究等方面起到重要作用。
18S rDNA或ITS（Internal Transcribed Spacer）被广泛应用在真菌分类鉴定中。18S rDNA在系统发育研究中较适用于种级以上阶元的分类；ITS属于中度保守区域，利用它可研究种及种以下的分类阶元。
研究内容
16S/18S/ITS扩增子测序即通过提取环境样品的DNA，选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的某一或某几个区，使用Illumina测序将目的区域正反向读通，通过检测目的区域的序列变异和丰度，对环境样本物种分类及，丰度，种群结构，系统进化，群落比较等方面信息进行分析的研究方法。
产品优势
策略多样：不同来源样本采用不同提取方法和建库测序策略，满足多种环境研究需求
平台多样：MiSeq/HiSeq2500/HiSeq4000/PacBio等多种平台可供选择，可满足16S/18S/ITS不同高变区域或全长测序的需求。
经验丰富：已分析样品类型涉及粪便、土壤、水体、唾液、牙菌斑、血液、皮屑等。
动物领域：肠道、瘤胃（如产甲烷菌类群）与动物健康/营养消化研究等；
农业领域：根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落等；
环境领域：雾霾处理、污水治理、石油降解、酸性矿水处理及海洋环境等；
特殊极端环境：极端环境条件下的微生物类群研究，如冰川、火山等。
样品检测：使用Qubit对样品浓度进行精确定量，检测合格的样品进行文库构建。
PCR体系构建：取30ng DNA样品及融合引物配置PCR反应体系。
PCR扩增：设置PCR反应参数进行PCR扩增。
产物纯化：使用Agencourt AMPure XP磁珠进行纯化并溶于Elution Buffer，贴上标签，至此文库构建完成。
文库质量检测：文库检测使用Agilent 2100 Bioanalyzer检测文库的片段范围及浓度。
上机测序：文库检测合格，上机测序
*注：只有两端完全测通的Reads (Tags)才能用于进一步的分析，因此不同的扩增区域请严格遵循对应的测序类型。
产品介绍
16S rDNA是细菌分类学研究中最常用的“分子钟”，其序列包含9个可变区（Variable region）和10个保守区（constant region）。可变区因细菌而异，且变异程度与细菌的系统发育密切相关。通过检测16S rDNA的序列变异和丰度，可以了解环境样品中群落多样性信息。基于16S rDNA的分析在微生物分类鉴定、微生态研究等方面起到重要作用。
18S rDNA或ITS（Internal Transcribed Spacer）被广泛应用在真菌分类鉴定中。18S rDNA在系统发育研究中较适用于种级以上阶元的分类；ITS属于中度保守区域，利用它可研究种及种以下的分类阶元。
研究内容
16S/18S/ITS扩增子测序即通过提取环境样品的DNA，选择合适的通用引物扩增16S/18S/ITS的某一或某几个区，使用Illumina测序将目的区域正反向读通，通过检测目的区域的序列变异和丰度，对环境样本物种分类及，丰度，种群结构，系统进化，群落比较等方面信息进行分析的研究方法。
产品优势
策略多样：不同来源样本采用不同提取方法和建库测序策略，满足多种环境研究需求
平台多样：MiSeq/HiSeq2500/HiSeq4000/PacBio等多种平台可供选择，可满足16S/18S/ITS不同高变区域或全长测序的需求。
经验丰富：已分析样品类型涉及粪便、土壤、水体、唾液、牙菌斑、血液、皮屑等。
应用范围
医学领域：人体微生物与人体健康/疾病的关系，人体微生物对疾病干预过程的影响；动物领域：肠道、瘤胃（如产甲烷菌类群）与动物健康/营养消化研究等；
农业领域：根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落等；
环境领域：雾霾处理、污水治理、石油降解、酸性矿水处理及海洋环境等；
特殊极端环境：极端环境条件下的微生物类群研究，如冰川、火山等。
建库流程
16S/18S/ITS扩增子建库推荐融合引物建库方法，即提前合成融合了目标序列引物和上机接头、index等序列的引物，通过一步PCR扩增直接完成建库。主要步骤如下：样品检测：使用Qubit对样品浓度进行精确定量，检测合格的样品进行文库构建。
PCR体系构建：取30ng DNA样品及融合引物配置PCR反应体系。
PCR扩增：设置PCR反应参数进行PCR扩增。
产物纯化：使用Agencourt AMPure XP磁珠进行纯化并溶于Elution Buffer，贴上标签，至此文库构建完成。
文库质量检测：文库检测使用Agilent 2100 Bioanalyzer检测文库的片段范围及浓度。
上机测序：文库检测合格，上机测序
测序策略
| 扩增区域 | 引物名称 | 引物对 | 测序类型* | |
| 细菌 | V4 | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGGTAA | PE250 |
| 806R | GGACTACHVGGGTWTCTAAT | |||
| V1-V3 | 8F | AGAGTTTGATYMTGGCTCAG | PE300 | |
| 518R | ATTACCGCGGCTGCTGG | |||
| V3-V4 | 341F | ACTCCTACGGGAGGCAGCAG | PE300 | |
| 806R | GGACTACHVGGGTWTCTAAT | |||
| V4-V5 | 515F | GTGCCAGCMGCCGCGG | PE300 | |
| 907R | CCGTCAATTCMTTTRAGT | |||
| 真菌 | ITS1 | its1 | CTTGGTCATTTAGAGGAAGTAA | PE250 |
| its2 | GCTGCGTTCTTCATCGATGC | |||
| ITS2 | its3 | GCATCGATGAAGAACGCAGC | PE300 | |
| its4 | TCCTCCGCTTATTGATATGC |
*注：只有两端完全测通的Reads (Tags)才能用于进一步的分析，因此不同的扩增区域请严格遵循对应的测序类型。
生物信息分析
下机数据经过数据过滤，滤除低质量的reads，剩余高质量的Clean data方可用于后期分析；通过reads之间的Overlap关系将reads拼接成Tags；在给定的相似度下将Tags聚成OTU，然后通过OTU与数据库比对，对OTU进行物种注释；基于OTU和物种注释结果进行样品物种复杂度分析以及组间物种差异分析。| 信息分析条款 | 信息分析内容 |
| 数据处理 |
· 数据过滤 · Reads拼接 · OUT聚类与注释 |
| 基于OUT的分析 |
· Rank Abundance · PCA分析 · Venn图 · Alpha多样性分析 · 稀释曲线、Chao曲线、Ace曲线、Shannon曲线、Simpson曲线 · 组间样品Alpha指数盒形图及差异检验 · 基于OUT丰度beta多样性分析 · Beta多样性热图 · PCoA · 样品聚类树 · CCA分析（需提供详细的环境因子数据） |
| 基于物种的分析 |
· 物种注释柱形图 · 物种丰度热图 · 物种系统发育进化树 · 基于物种系统进化的(Un）weighted_UniFrac分析 1. Beta多样性热图 2. PcoA 3. 样品聚类树 · 组间物种比较分析（Metastats） |
| LEFSE分析 | · LEfSe组间群落差异分析 |
| 定制化信息分析 |
· 16S测序样品功能预测（PICRUSt） · 物种间相关系数网络图分析 · 可结合客户的需求，协商确定定制化信息分析内容。 |
